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Aos 17 anos, Miguel Núñez iniciou os seus estudos no Instituto Superior de Arte de Havana. Paralelamente aos seus estudos académicos, começou a destacar-se em diferentes géneros da música popular cubana e do jazz.
A influência da escola clássica na sua carreira ocupa um lugar importante na sua formação como pianista, como se pode ver na discografia em que participou.
O seu talento artístico permitiu-lhe colaborar em produções musicais para teatro, cinema e televisão. Desde 1989, é o diretor musical de Pablo Milanés, com quem mantém uma estreita relação artística.